Kök hücreler genellikle vücut ısısına (37^oC) uygun, yüksek nemli inkübatörlerde kültür kaplarında üretilebilirler. Çok farklı sayıda kök hücre olduğu için her hücre tipine uyan farklı kültür ortamı koşulları vardır. Bilim adamları için önemli olan kültür ortamında kök hücrelerin farklılaşmadan çoğaltılabilmesi ve gerektiğinde kök hücrelerin yönlendirilebilmesidir.

Kordon kanı, kemik iliği veya kemik iliğinin uyarılması sonucu çevre kanına çıkan kan kök hücreleri de özellikli kültür ortamlarında çoğaltılırlar, bu kök hücreler hızla çoğalıp farklılaşabildikleri için kültür ortamı koşullarının iyi bilinmesi gereklidir.

Mezenkimal kök hücre adı verilen kök hücreler kültür ortamında yapışarak çoğalan ve daha geç farklılaşmaya gidebilen kök hücreler oldukları için bu kök hücrelerin tedavi amaçlı kullanımı konusunda da birçok çalışma yapılmaktadır.